Naukę pobierał najpierw u prywatnych nauczycieli, następnie w szkole powszechnej prowadzonej przez kapucynów. W wieku 16 lat wstąpił do nowicjatu kapucynów. W 1902 roku przywdział habit zakonny, zaś osiem lat później otrzymał święcenia kapłańskie. Przybrał imię zakonne Pio.
Sześć lat po święceniach o. Pio został wcielony do wojska. Tam ciężko zachorował. Od wysokiej gorączki pękały zwykłe termometry. Mimo ciężkiego stanu zdrowia zakonnik nie tracił świadomości. W końcu lekarze orzekli, że jest niezdolny do służby wojskowej, a przełożeni skierowali bliskiego śmierci o. Pio do klasztoru w San Giovanni Rotondo.
Było to niewielkie miasteczko, prawie odcięte od świata z powodu braku dróg. Warunki życia ubogiej ludności były prymitywne. Brak było światła, wody pitnej i sanitariatów. Szerzyły się choroby, panoszyła przestępczość. W takiej okolicy o. Pio rozpoczął swoją wieloletnią działalność duszpasterską.
Choć o. Pio znany jest jako niewolnik konfesjonału, to nie od razu mógł on pełnić tę posługę z powodu braku pozwolenia przełożonych. Wielokrotnie się o nie starał, jednak ze względu na stan zdrowia, przełożeni odmawiali mu. Kiedy w 1913 roku o. Pio uzyskał upragnione pozwolenie, prawie cały swój czas poświęcał posłudze konfesjonału, spowiadając po 10 - 12 godzin dziennie. Spragnieni Jezusa ludzie licznie przybywali do San Giovanni Rotondo by wyspowiadać się u świątobliwego zakonnika.
W dniu 5 sierpnia 1918 roku o. Pio otrzymał dar stygmatów. Tak on sam opisuje to wydarzenie, kiedy stanął przed nim Niebiański Gość: „Trzymał w ręku coś na kształt narzędzia podobnego do długiej, żelaznej klingi, zakończonej dobrze wyostrzonym szpicem, który zdawał się ziać ogniem. I tym rozpalonym narzędziem rzucił z całych sił w mą duszę. Z wielkim trudem wydobyłem z siebie jęk. Zdawało mi się, że umrę. (…) Nie potrafię opisać moich cierpień. Miałem uczucie jakby mi rozdzierano wnętrzności. Od owego dnia zacząłem nosić w sobie śmiertelną ranę. W samej głębi duszy czuję stale otwartą ranę, źródło mych ustawicznych katuszy”. Lekarze, którzy badali o. Pio nie potrafili wytłumaczyć pochodzenia krwawiących ran. Ślady Ukrzyżowania o. Pio nosił na swoim ciele przez 50 lat, aż do śmierci.
Ojciec Pio długie godziny spędzał w konfesjonale, wyrywając szatanowi niezliczone zastępy dusz. Bardzo cierpiał z powodu grzechów, oraz zatwardziałości ludzkich serc. Mimo wielkich kolejek do spowiedzi, o. Pio nie był pobłażliwy dla penitentów. Wiele razy gromił, gdy widział, że penitent nie ma żalu za grzechy, lub przyszedł tylko z ciekawości. W takich przypadkach nie udzielał rozgrzeszenia, ale modlił się za daną osobę, która odczuwała wtedy straszliwe wyrzuty sumienia, które ustępowały dopiero, kiedy dana osoba odmieniła swoje życie i przyszła skruszona ponownie do konfesjonału. Wtedy o. Pio był ciepły, serdeczny, udzielał ojcowskich rad. Penitent czuł się wówczas jak prawdziwy Syn Marnotrawny.
Dla wielu o. Pio stawał się kierownikiem duchowym. Słowami pełnymi mądrości koił i uciszał serca, rozwiązywał problemy, wspierał na drodze do świętości.
Życie o. Pio pełne było cierpienia. Dla ratowania dusz brał on na siebie grzechy i cierpienia innych ludzi. Tak m.in. pisał o cierpieniu: „Pewne słodycze wewnętrzne są dziecięcym pokarmem! Nie są one oznaką doskonałości. Nie słodyczy, ale bólu nam potrzeba. Oschłość, niechęć, słabość - oto oznaki prawdziwej miłości. Ból jest miły, wygnanie jest piękne, ponieważ cierpiąc, możemy dać coś Bogu. Dar naszego bólu, naszych cierpień jest wielką rzeczą, której w niebie nie możemy już ofiarować”.
O. Pio doświadczał też na sobie ataków szatana, wściekłego, że wyrywa mu z rąk tak wielką liczbę dusz. Nie raz w nocy szatan zwlekał go z łóżka na ziemię i okładał razami. Mimo wielkiej gwałtowności ataków diabła, o. Pio wychodził z prób zwycięsko, ufny w pomoc Jezusa i Maryi. Wszystkie udręki ofiarowywał Bogu dla zbawienia dusz.
Centralnym punktem dnia O. Pio była Msza Święta, którą odprawiał półtorej godziny lub dłużej. Mimo to ludzie tłumnie w niej uczestniczyli, zyskując przekonanie, że obcowali ze świętym. Ojciec Pio często mówił o sobie: „Jestem ubogim bratem, który się modli”.
Jednym z dzieł świętego jest zbudowany po drugiej wojnie światowej ze składek wiernych szpital, noszący nazwę Dom Ulgi w Cierpieniu.
Ojciec Pio odszedł do domu Ojca 23 września 1968 roku. W dniu jego śmierci rany stygmatów zabliźniły się w cudowny sposób.
Jan Paweł II ogłosił o. Pio błogosławionym w dniu 2 maja 1999 roku, zaś 16 czerwca 2002 roku zaliczył go w poczet świętych.
Na zakończenie kilka myśli świętego o. Pio:
„Nie martw się zbytnio o uleczenie Twego serca, ponieważ twe zmartwienia mogłyby mu jeszcze bardziej zaszkodzić. Nie wysilaj się również za bardzo, aby zwyciężyć pokusy, ponieważ ten gwałtowny wysiłek jeszcze bardziej by je wzmacniał. Lekceważ je i nie zatrzymuj się nad nimi”.
„Kiedy dusza cierpi i lęka się obrażenia Boga, to Go nie obraża i jest bardzo daleko popełnienia grzechu”.
„Nie cofaj się, a tym bardziej nie zatrzymuj w drodze na Kalwarię życia. Jezus poda nam rękę, aby się nie chwiać. Myśl o łasce Bożej, która nas podtrzymuje i o nagrodzie zarezerwowanej dla nas przez Pana Jezusa, będzie dla nas bardzo miłym pocieszeniem”.
„W bólu - Pan Jezus jest bliżej każdego człowieka; przygląda się i jest Tym, który przychodzi, aby żebrać o cierpienia, o łzy…; potrzebuje ich dla zbawienia dusz”.
„- Ojcze, dzisiaj jest święto Matki Bożej Bolesnej. Powiedz mi coś.
- Bolesna Dziewica nas kocha, ponieważ zrodziła nas w bólu i miłości. Matka Boża bolesna niech nigdy nie opuszcza Twej duszy, a Jej cierpienia niech będą wyryte w Twoim sercu. Niech je rozpala miłość do Niej i do Jej Dziecięcia”.