Jakub Jan Filek urodził się 4 lipca 1918 r. w Barwałdzie, w archidiecezji krakowskiej, a rodzicami jego byli: Jan i Zofia z Więckowskich. Szkołę powszechną ukończył w swojej rodzinnej wiosce, a następnie wstąpił do Niższego Seminarium Karmelitów Bosych w Wadowicach, gdzie ukończył Gimnazjum z maturą. Do Zakonu Karmelitów Bosych wstąpił w 1935 r. w Czernej, i tam 29 sierpnia 1936 r. złożył profesję zakonną. Studia filozoficzne odbywał w Wadowicach i Czernej, a studia teologiczne w Krakowie, w latach 1940-1944. Święcenia kapłańskie przyjął 24 czerwca 1944 r. w Czernej, z rąk ks. bpa Stanisława Rosponda. Jego kolega kursowym był Sługa Boży o. Rudolf Warzecha OCD (+1999). Studia uniwersyteckie na KUL (w latach 1958-1962), uwieńczył doktoratem z teologii ascetyczno-mistycznej.
Był redaktorem czasopism karmelitańskich: „Głos Karmelu” oraz „Pod opieką św. Józefa”; a następnie dawał rekolekcje wielu grupom osób świeckich i konsekrowanych, także kapłanom. W jego rekolekcjach w Czernej, w latach 50. XX w., brał udział m.in. ks. Karol Wojtyła. Jako wybitny i jeden z pierwszych teologów duchowości w Polsce, należał do Polskiego Towarzystwa Teologicznego. W życiu zakonnym dwukrotnie pełnił funkcję prowincjała Polskiej Prowincji Karmelitów Bosych (1966-1969 oraz 1975-1978). Po Soborze Watykańskim II, był umiejętnym i gorliwym promotorem przekazywania wspólnotom w Karmelu polskim zdrowej idei odnowy życia zakonnego wg Vaticanum II oraz ideału terezjańskiego. Systematycznie jeździł z wykładami do siedmiu klasztorów karmelitanek klauzurowych, by dawać im lekcje z teologii modlitwy.
Przez kilkadziesiąt lat był wykładowcą teologii dogmatycznej i teologii moralnej w kolegiach zakonu w Wadowicach i w Krakowie. Na prośbę kard. Stefana Wyszyńskiego, w latach 1962-1993 był równocześnie wykładowcą teologii życia duchowego, teologii modlitwy i teologii mistycznej w Prymasowskim Studium Życia Wewnętrznego w Warszawie. W latach 1980-1992 był także wykładowcą teologii mistycznej w Akademii Teologii Katolickiej w Warszawie. Znane są osiągnięcia o. Ottona na polu naukowym i wydawniczym w zakresie duchowości karmelitańskiej, także jako autora kilkuset artykułów naukowych w Encyklopedii Katolickiej KUL.
Śp. o. Otto Filek był znany i ceniony przede wszystkim, jako ekspert w zakresie znajomości doktryny wiary, przez co był angażowany przez władze kościelne, jako biegły lub cenzor kanoniczny pism duchowych - w sześciu procesach beatyfikacyjnych polskich sług Bożych: bł. o. Honorata Koźmińskiego, bł. Anieli Salawy, bł. Marii Karłowskiej, bł. Bernardyny Jabłońskiej oraz sł. B. Zofii Tajber.
Największa jego praca w tej dziedzinie, to praca promotora i eksperta w procesie beatyfikacyjnym Sługi Bożego o. Anzelma Gądka. Postaci tej, która go niezwykle fascynowała, poświęcił prawie 45 ostatnich lat życia, współpracując z Siostrami Karmelitankami Dzieciątka Jezus w Łodzi. Jako świadek jego świątobliwego życia, zebrał prawie wszystkie dokumenty dotyczące Sługi Bożego, opracował pierwszą biografię oraz był redaktorem wydawanych pism Sługi Bożego w serii „Biblioteka Założyciela”. Organizował w Łodzi sesje naukowe na temat życia i duchowości Sługi Bożego.
Był pomysłodawcą urządzenia Archiwum i Muzeum o. Anzelma w Łodzi w klasztorze Karmelitanek Dzieciątka Jezus przy ul. Złocieniowej oraz upamiętnienia miejsca urodzenia Sługi Bożego, co z biegiem lat zaowocowało rozwojem tej idei, czyli dziełem rekonstrukcji domu rodzinnego o. Anzelma – znanego obecnie jako Dom Pamięci Sługi Bożego w Marszowicach, w parafii Niegowić.
W latach 2002-2008, podczas kanonicznego dochodzenia w procesie beatyfikacyjnym o. Anzelma, J. E. Arcybiskup Władysław Ziółek oraz Trybunał Archidiecezji Łódzkiej powołał o. dr Ottona Filka OCD na członka Komisji Historycznej. W ramach swoich kompetencji wykonał on kwerendy m.in. w archiwach watykańskich oraz w kilkudziesięciu archiwach kościelnych i zakonnych na terenie Europy, w miejscach związanych z życiem i działalnością Sługi Bożego. Następnie zeznawał w procesie jako świadek ex officio.
24 czerwca b.r. obchodził 70. rocznicę otrzymania sakramentu kapłaństwa. Na ten niezwykły i rzadki jubileusz Ojciec Święty Franciszek przysłał Ojcu Ottonowi specjalny List i apostolskie błogosławieństwo, dziękując mu za wzorową postawę zakonną i kapłańską. Podobnie o. generał Karmelitów Bosych, o. Saverio Cannistrà OCD, przysłał list z wyrazami wdzięczności i uznania jego zasług dla zakonu. Specjalny list dziękczynny napisała również m. Błażeja Stefańska, przełożona generalna Zgromadzenia Sióstr karmelitanek Dzieciątka Jezus.
Mimo podeszłego wieku (96 lat) i słabnięcia sił, o. Otto nadal gorliwie pracował nad przygotowaniem do druku 12. tomu pism o. Anzelma Gądka OCD, a także zupełnie nowej pozycji: wspomnień swojego kuzyna o. Jakobina Erazma Filka OCD, pt. „Katakumby XX w.” (który przeżył łagry sowieckie).
Prace te przerwała Ojcu ciężka choroba, która wymagała hospitalizacji. Przez ostatni miesiąc życia i cierpienia przebywał w szpitalu Bonifratrów w Krakowie, gdzie zaopatrzony Sakramentami Świętymi, jako wierny syn zakonu karmelitańskiego, odszedł po nagrodę do Pana w trzecim dniu nowenny do Matki Bożej Szkaplerznej, 9 lipca 2014 r.
Pogrzeb śp. o. Ottona Jakuba Filka OCD odbędzie się 14 lipca o godz. 11, w kościele karmelitów w Krakowie, przy ul. Rakowickiej 18, a następnie jego doczesne szczątki zostaną pochowane w na pobliskim Cmentarzu Rakowickiem.
Na uroczystości pogrzebowe specjalny list kondolencyjny i dziękczynny Bogu i zakonowi za osobę śp. o. Ottona Filka, na ręce prowincjała krakowskiej prowincji karmelitów bosych, o dr. Tadeusza Florka OCD, wystosował J. E. ks. Arcybiskup Marek Jędraszewski, metropolita łódzki.
Dobry Jezu, a nasz Panie, daj mu wieczne spoczywanie,
razem z Aniołami i Świętymi - w Twoim Królestwie !
s. Konrada Dubel
karmelitanka Dzieciątka Jezus