Od początku planowano umieszczenie relikwii św. Ojca Pio w nowym kościele. Jednak potrzebne było stosowne przygotowanie krypty. Dlatego zdecydowano, że po ekshumacji, która miała miejsce ponad rok temu, ciało o. Pio pozostanie w dotychczasowym miejscu, gdzie będzie możliwość oddawania czci jego relikwiom umieszczonym w przeszklonym sarkofagu. Jego „zasłonięcie” odbędzie się pod koniec września, po liturgicznym wspomnieniu św. Pio. Następnie miejscowy biskup będzie mógł rozpocząć procedurę kanoniczną (potrzebne są pozwolenia kongregacji), a także świecką, by móc przenieść relikwiarz do docelowego miejsca.
Kościół św. Pio z Pietrelciny w San Giovanni Rotondo, podobnie jak inne kościoły noszące wezwanie wielkich świętych: bazylika św. Franciszka w Asyżu czy św. Antoniego w Padwie, powstał jako wyraz wdzięczności Bogu za dar świętych. Monumentalność konstrukcji jest odbiciem wielkości ich ducha i często nie przystaje do prostoty ich życia. Ale w ten sposób chcieli wierni uhonorować świętego, do którego mają tak wielkie zaufanie - tłumaczy o. Tomasz Wroński, kapucyn.