Ceremonia pożegnalna rozpoczęła się o godz. 10.00 (9.00 czasu polskiego) na lotnisku im. Królowej Alii. Papież przyjechał tam wprost z nuncjatury apostolskiej, gdzie rano odprawił Mszę św.
W swoim przemówieniu król Abdullah II wymienił etapy papieskiego pobytu: Amman, górę Nebo, Madabę i Betanię za Jordanem. „Kontynuujmy dialog, który rozpoczęliśmy w tych dniach. Znieśmy podziały i zbudujmy lepszy świat” – mówił monarcha. Wspomniał również ofiary konfliktu izraelsko-palestyńskiego. Podkreślił, że Palestyńczycy mają prawo do swojego państwa, a Izraelczycy do bezpieczeństwa i wyraził nadzieję, że papieska przyczyni się do zapanowania pokoju na Bliskim Wschodzie. „Powróć do nas Ojcze Święty, jako drogi i oczekiwany z radością przyjaciel!” – zakończył swoje przemówienie monarcha.
Z kolei Benedykt XVI podziękował władzom państwowym i kościelnym w Jordanii za okazane mu gorące przyjęcie i zaapelował do jego mieszkańców o dochowanie wierności duchowi tolerancji i dialogu międzyreligijnego, tak znamiennego dla tego królestwa. Zachęcił „wszystkich Jordańczyków, zarówno chrześcijan, jak i muzułmanów, do budowania na mocnych podwalinach tolerancji religijnej, która uzdalnia członków różnych wspólnot do życia razem w pokoju i wzajemnym poszanowaniu”. Przypomniał, że król Abdullah II „był szczególnie czynny w popieraniu dialogu międzyreligijnego” i podkreślił, że bardzo ceni jego postawę.
Do samolotu papież przeszedł po czerwonym dywanie wzdłuż szpaleru utworzonego przez gwardię królewską. Przed wejściem do samolotu błogosławił jeszcze zebranych. Ok. godz. 10.30 czasu lokalnego na pokładzie Airbusa 321 Królewskich Linii Jordańskich odleciał do Izraela, gdzie rozpoczyna II etap swojej pielgrzymki do Ziemi Świętej.
O godz. 11.00 zaplanowano przyjęcie papieża na lotnisku w Tel Awiwie.